Bokens huvudperson grubblar en hel del. Han väljer att läsa en del medicin för att bli läkare men ändrar sig och utbildar sig till sjukgymnast istället. Han blir intresserad av en flicka som blir frälsningssoldat men flickan gifter sig med en annan. Emils bror blir svårt sjuk och sängliggande lång tid. Till sist ber fadern en helbrägdagörare att bota sonen trots att fadern, prästen själv är emot det. Sonen tillfrisknar dock efter detta besök. Boken är bitvis svår att förstå och inte helt lättläst. Att boken fått namnet Bikungskupan kan bero på faderns enorma intresse för sina bikupor.